Fat Joe fait l'objet de nouvelles controverses liées à des déclarations passées et à des affaires récentes, notamment des allégations liées à O.J. Simpson, l'usage de termes racistes et des litiges juridiques impliquant son ancien hypeman et une poursuite de 20 millions de dollars. Il a également suscité des réactions en défendant R. Kelly et en répondant à des allégations concernant son implication dans des œuvres d'autres artistes. En dehors de ces controverses, il a été salué pour son action humanitaire, notamment l'envoi de 100 tonnes de fournitures aux victimes d'un séisme en Colombie.